대법원 1부(주심 고영한 대법관)는 현대자동차가 "연구개발 전담부서 직원들에 대한 퇴직급여 충당금 111억여원을 세액공제 대상에 포함해달라"며 서초세무서장을 상대로 낸 소송 상고심에서 원고 승소로 판결한 원심을 깨고 원고 패소 취지로 사건을 서울고법에 돌려보냈다고 25일 밝혔다.
조세특례제한법과 그 시행령은 연구 및 인력개발 비용 중 '기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기재부령이 정하는 자의 인건비'에 대해선 세액 공제를 해주도록 규정하고 있다.
현대차는 2008∼2010 사업연도의 연구개발 전담부서 직원들에 대한 퇴직급여 충당금이 '연구·인력개발비'와 관련이 있는 만큼 세액공제 대상이라고 주장했지만 세무서는 인정하지 않았다. 소송이 진행돼 1·2심에선 현대차가 이겼지만 대법원의 판단은 달랐다.
재판부는 "연구·인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발 전담부서에서 소요되는 인건비 등이 있는 경우 기술인력 개발을 장려하려는 목적에서 일정액을 소득세 또는 법인세에서 공제하는데 그 취지가 있으므로 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접 대응하는 비용만을 공제 대상으로 삼아야 한다"고 말했다.
재판부는 "퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려해 일시에 지급하는 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급 의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접 대응하는 비용이라고 볼 수 없다"고 말했다.
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